La versión más radical creada por Pagani es el R. Se trata de un coche de circuitos pero no de
competición, al estilo del Ferrari FXX basado en el Enzo. Parece ser que la idea nació de un propietario que quería mejorar las prestaciones de su Zonda y disfrutar de él sobre la pista. En este coche la potencia sube hasta dos 750 CV gracias la adopción del motor V12 que lleva el Mercedes CLK GTR. Exteriormente se distingue muy bien del Zonda F, porque el tamaño es diferente. Concretamente 394 mm más de largo y 50mm más de ancho. Además lleva una aerodinámica muy elaborada, con el faldón delantero y le difusor delantero y el difusor
trasero rediseñados y de mayor tamaño, y un gran alerón posterior. Los cambios son tan profundos que, según la marca, solo comparte con el Zonda F un 10% de los componentes. Se emplean con generosidad materiales como el magnesio o el titanio. Desde el punto de vista técnico también es importante la incorporación de un cambio secuencial de seis marchas mediante levas.
Se fabricarán únicamente diez unidades, y el precio será de aproximadamente 1,2 millones de euros. Hace poco Pagani anunció la producción de cinco unidades de la versión ``Cinque´´, encargadas por el importador de Hong Kong.
Estos coches son básicamente como el Zonda R, pero adaptados como modelos de calle, y con
678 CV en lugar de 750. Los Pagani se aprovecharan de estos desarrollos.
competición, al estilo del Ferrari FXX basado en el Enzo. Parece ser que la idea nació de un propietario que quería mejorar las prestaciones de su Zonda y disfrutar de él sobre la pista. En este coche la potencia sube hasta dos 750 CV gracias la adopción del motor V12 que lleva el Mercedes CLK GTR. Exteriormente se distingue muy bien del Zonda F, porque el tamaño es diferente. Concretamente 394 mm más de largo y 50mm más de ancho. Además lleva una aerodinámica muy elaborada, con el faldón delantero y le difusor delantero y el difusor 
Estos coches son básicamente como el Zonda R, pero adaptados como modelos de calle, y con 678 CV en lugar de 750. Los Pagani se aprovecharan de estos desarrollos.
